Поскольку проблема совершенно не явная, а последствия от неё "на лицо" (каталог переиндексировался Яндексом за четыре дня) было принято решение написать краткий фикс данного бага.
//редирект для удаления дублей => /section1/element/ or /section2/element/ redirect to /section1/section2/element/
$res = CIBlockElement::GetByID($arResult['ID']);
if($ar = $res->GetNext()) {
$good_url="/".$ar['CODE']."/";
if ($ar['IBLOCK_SECTION_ID']) {
$res = CIBlockSection::GetByID($ar['IBLOCK_SECTION_ID']);
if ($ar2 = $res->GetNext()) {
$good_url="/".$ar2['CODE'].$good_url;
if ($ar2['IBLOCK_SECTION_ID']) {
$res = CIBlockSection::GetByID($ar2['IBLOCK_SECTION_ID']);
if ($ar3 = $res->GetNext())
$good_url="/".$ar3['CODE'].$good_url;
}
}
}
}
Данное решение позволяет решить проблемы с дублированием адресов 1С-Битрикс, вплоть до 3его уровня вложенности